Les Hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem, plus connus sous le nom de Chevaliers de Malte, sont à l'origine les fondateurs d'un hospice à Jérusalem destiné à recueillir et soigner les pèlerins se rendant en Terre sainte.
Les Chevaliers de l’Ordre étaient présents depuis longtemps à Arles. Dès 1118, l’archevêque d’Arles, Aton, donna l’église Saint-Thomas située à Trinquetaille aux hospitaliers, avec à sa tête un commandeur, Étienne Raymond. Une maladrerie lui fut ensuite adjointe.
Les bâtiments furent détruits par les Arlésiens en juillet 1357, ceux-ci voulant empêcher les pillards, menés par Arnaud de Servolle, qui écumaient la France après la bataille de Poitiers, de se servir des lieux. L’Ordre se retire alors derrière les murailles de la ville et le frère Raymond de Plainchamp, commandeur de Saint-Thomas, achète, en 1358, 1361 et 1392, trois parcelles au nord de la ville, dans le Bourg neuf.
Il revient à Melchior Cossa, nommé commandeur par le pape en 1475, sur la recommandation du roi René, de faire élever une partie des bâtiments qui nous sont parvenus. Il leur donne un caractère sévère, ne les décorant que de faux machicoulis ou d’une échauguette, des artifices de défense. Il fait construire, en 1503, la chapelle Saint-Jean où il est enseveli à sa mort.
Le Grand-Prieuré à Arles
Les troubles provoqués par les guerres de religion et la destruction des biens de l’Ordre à Saint-Gilles causèrent le transfert du siège du Grand-Prieuré à Arles. La commanderie fut agrandie et, de 1586 à 1603, une salle des archives, jusque-là située au premier étage, fut créée au-dessus de la chapelle. Un prêtre archiviste conservait notamment les nobiliaires, registres des nobles appartenant à l’Ordre, et les titres de propriété de ce dernier.
Le 11 avril 1637, le titre de Grand-Prieur est donné à Honoré Quiqueran de Beaujeu, commandeur de Saliers, né à Arles, alors en poste à Malte. Il entreprend des constructions importantes dans le Grand-Prieuré. Il fait ouvrir une tribune sur la chapelle, au-dessus de la porte axiale et construire à la place de l’ancien escalier en vis, un nouvel escalier dans la cour d’honneur.
